Genomica funzionale di tratti umani complessi

Obiettivo centrale dei progetti sviluppati è l’analisi della funzione di singole unità geniche e delle reciproche relazioni all’interno di contesti cellulari fisiologici e patologici, avvalendosi di tecniche di indagine che spaziano dall’analisi bioinformatica all’impiego di organismi modello.

TOPICS

Genomica funzionale, trascrittomica, zebrafish, bioinformatica

PROGETTO E OBIETTIVI

La genomica funzionale, dal sequenziamento del genoma umano, ha portato contributi importanti nella ricerca di base e nello studio delle patologie complesse. Il gruppo ha sviluppato competenze e preziose collaborazioni nei seguenti progetti.

1. Studio funzionale del locus genico multi-trascritto CYYR1 (21q21.3) in modelli cellulari umani e in zebrafish.
   CYYR1, clonato dal gruppo, è ancora orfano di una funzione propria. Obiettivo: perseguire l'ipotesi del ruolo del locus nell’embriogenesi e tumorigenesi associata al signalling di SHH e Nodal.
2. Caratterizzazione funzionale di lncRNA nella Malattia di Parkinson (MP): ipotesi di un ruolo neuroprotettivo.
   Dati di meta-analisi di espressione genica pubblicati dal gruppo hanno mostrato una possibile associazione di lncRNA (long non-coding RNA) alla MP; alcuni mai messi in relazione con la stessa. Evidenze indicano un ruolo protettivo nella neuroinfiammazione, evento causativo della MP. Obiettivo: definire il ruolo dei lncRNA in cellule di microglia umana e analizzare ortologhi funzionalmente correlati in zebrafish. (Finanziamento: Fondazione Carisbo - Ricerca medica traslazionale e clinica 2020).
3. Caratterizzazione del gene TNPO3 (transportina3) nella distrofia muscolare dei cingoli LGMDD2.
   In collaborazione con la Prof.ssa Cenacchi (DIBINEM) si vuole approfondire il ruolo dell’ortologo del gene TNPO3 in zebrafish. Obiettivo: caratterizzare la funzione di TNPO3 nella miogenesi. L’approccio prevede la creazione di un modello animale rappresentativo della condizione dominant negative descritta come causativa la distrofia, mediante la microiniezione  di embrioni con mRNA codificanti TNPO3 umana normale e mutata. (Finanziamento: AFMTéléthon).
4. Ruolo delle neutrofine nella risposta allo stress: approcci molecolari ed etologici in zebrafish null fish per BDNF.

Collaborazioni

• Studio funzionale del locus genico multi-trascritto CYYR1 (21q21.3)

Prof.ssa Silvia Canaider e Dott.ssa Federica Facchin (DIMES, UniBO)

Prof.ssa Anna Silvia Pistocchi (Dip. di Biotecnologie Mediche e Medicina Traslazionale - UniMI)

Dott. Gianluca Deflorian (Ospedale Villa Salus – Mestre)

Prof.ssa Karuna Sampath (University of Warwick - United Kingdom)

Prof. Pier Luigi Lollini (DIMES, UniBO)

Dott.ssa Provvidenza Maria Abruzzo (DIMES, UniBO)

• Caratterizzazione funzionale di lncRNA nella Malattia di Parkinson (MP) 

Prof. Andrea Tarozzi (QUVI, UniBO)   

Prof.ssa Barbara Monti (FABIT, UniBO)

• Caratterizzazione del gene TNPO3 (transportina3) nella distrofia muscolare dei cingoli LGMDD2

Prof.ssa Giovanna Cenacchi (DIBINEM, UniBO)

• Ruolo delle neutrofine nella risposta allo stress

Prof. Mattia Toni (Dip. di Biologia e Biotecnologie C.Darwin – Sapienza - UniRoma1)

Alumni

Dott. Davide Maestri (posizione attuale Ph.D. c/o Tempera Lab. The Wistar Institute – Filadelfia-USA)

Dott. Fabrizio Pizzetti